Depuis le 26 mai 2014, le Musée virtuel du Protestantisme a fait peau neuve, avec plus de 1 000 notices (grandes dates, personnalités, etc.) illustrées par 3 000 images. Elles sont enrichies de vidéos, de documents et de références bibliographiques, et sont accessibles en français, en anglais et en allemand.
Une navigation simple et interactive, des parcours pour guider les visiteurs, des expositions, un espace collaboratif avec différents musées protestants européens, des outils de géolocalisation et la possibilité de créer un compte personnel pour archiver et imprimer les contenus.
Forte du succès du site créé en 2003, la Fondation pasteur Eugène Bersier a réalisé cette nouvelle version. Le Musée virtuel est devenu le site de référence de l’histoire du protestantisme, il compte à ce jour près de 25 000 visiteurs par mois.